Мадара и Изуна
Во времена Сенгоку Джидай Мадара и его брат Учиха Изуна считались, будучи детьми, чрезмерно талантливыми. В детстве, Мадара впервые встретил Сенджу Хашираму, который позже стал его другом и соверником в играх и тренировках. Мадара и Хаширама часто разговаривали о новом мире и создании деревни, Конохагакуре. Всё же отец Мадары, Учиха Таджима, узнал о Хашираме и вместе с Изуной отправился к месту встречи своего старшего сына, планировав устроить засаду Хашираме. Мадара и Хаширама предупредили друг друга, в то время как их отцы и братья начали сражение, в котором Мадара пробудил Шаринган.Вместе со своим братом, Мадаре удалось пробудить Мангекё Шаринган, что раньше не удавалось никому из клана Учиха. Это сделало Мадару, как старшего из братьев, лидером клана.Из-за злоупотребления Додзюцу появились негативные аспекты. Мадара потерял зрение и впал в депрессию. Чтобы спастись от слепоты он вырвал глаза своего брата и трансплантировал их себе, как позже выяснилось, с согласием Изуны. Таким образом он получил Вечный Мангекё Шаринган. Замена глаз оберегла его от слепоты, так же она пробудила совсем новое Додзюцу. С помощью этой новой силы Мадара подчинил себе множество кланов и сделал Учиха самым сильным и уважаемым кланом того времени.
Учиха и Сенджу — Создание Конохагакуре
Мадара напал на ХаширамуВ первой войне Ниндзя Учиха враждовали с кланом Сенджу, который так же являлся одним из сильнейших кланов. Мадара, лидер Учиха, иСенджу Хаширама, глава клана Сенджу, часто сражались до тех пор, пока обе стороны не устали от войн и стали союзниками. Мадара опасался, что Сенджу вытеснят Учиха с центральной позиции в деревне, но всё же был вынужден согласиться. Путем альянса с Хи но Куниони создали Конохагакуре.Это положило начало концу войны и некоторое время царил мир. Но вскоре разгорелся спор о том, кому стать первым Хокаге. Так как Хаширама занял этот пост, опасения Мадары о том, что Сенджу могут подавить Учиха, усилились. С намерением защитить Учиха, он решил устроить заговор. Но так как Мадара, из-за случая с глазами его брата, считался властолюбивым, Учиха отвернулись от него. Преданный всеми, Мадара покинул Коноху. Позже он сражался с Кьюби против Хаширамы в Шуматсу но Тани, проиграл и был классифицирован как мертвый.Кроме того, в неизвестное время Мадара сражался с Оноки.Преданный всеми, Мадара покинул деревню. Он разыскал Кураму и подчинил его себе с помощью Шарингана. Затем, он напал на Конохагакуре. Хаширама встал на пути Мадары и в последующей битве ему удалось, с помощью Узумаки Мито, одержать победу. Официально Мадара погиб в этой битве.
Мадара и Обито — Тсуки но Ме Кейкаку
Мадара и ОбитоКак выясняется позже, Мадаре удалось подстроить свою смерть и добыть ДНК Хаширамы. Этот генетический материал он имплантировал в своё тело и спустя года пробудил Риннеган. Благодаря этому Додзюцу он смог призвать пустое тело Джуби и начать с выращиванием клеток Хаширамы. Так Мадара создал Широ Зетсу и подключил себя к Гедо Мазо, чтобы избежать смерти. Прежде чем сделать это, он передал свои глаза Нагато, мальчику из Амегакуре.После погребения Обито под камнями Ниндзя из Ивагакуре, тот попал в убежище Мадары. Он вылечил его и рассказал правду о бытие Шиноби и своём плане. После смерти Рин, Обито решил последовать Мадаре и создать мир без боли и смерти. Мадара рассказал Обито оРикудо Сеннине и Джуби, а также обучил его Киндзюцу клана Учиха, техникам Рикудо Сеннина и Иньйотон. Из своей воли он создал Куро Зетсу и черный шест, который выступает из клона Хаширамы. Затем Мадара разорвал соединение с Гедо Мазо и умер в надежде, что Нагато его воскресит.